Il complesso benedettino di Santo Spirito fu fondato nel XIII secolo dalla Contessa Marchisia Prefoglio, moglie di Federico I Chiaramonte. Alla fine del XIX secolo, lo Stato ne prese possesso a seguito delle leggi eversive. L’ala a Sud del complesso fu poi restituita alle monache benedettine cistercensi, che vi abitavano dal XIV secolo. Nel 1915, il Comune di Agrigento ricevette la parte rimasta al Demanio, insieme ai beni contenuti, incluse opere di notevole valore storico e artistico, molte delle quali sono andate perdute. Tra queste vi è un dipinto del XV secolo, la Madonna col Bambino, oggi al Museo Pietro Griffo di Agrigento. Documenti riportano che nel 1436 la Badessa era Cecilia Spatafora, nobildonna messinese, per cui è possibile che il dipinto fosse parte della sua dote. Si collegano anche alle monache benedettine provenienti da Messina. Nel 1915, un inventario fu redatto dall’allora Soprintendente alle Gallerie, Cesare Matranga.
Il monastero fu considerato come possibile sede di un museo già nel 1915. Grazie al mecenate inglese Capitano Alexander Hardcastle, gli ambienti in cattivo stato furono restaurati, ma alla fine si scelse il Complesso Conventuale dei PP. Agostiniani come sede museale. Negli anni ’90, la Soprintendenza ai Beni Culturali espose temporaneamente al monastero diverse raccolte artistiche medievali e moderne, in attesa del restauro della sede storica del museo. I dipinti sono stati ora trasferiti al Complesso dei Padri Filippini. Tuttavia, nel monastero è stato ritenuto opportuno esporre ceramiche e materiali lapidei dalla preistoria al Medioevo. Molti beni furono acquisiti fin dal 1864, incluso materiale dalla provincia di Agrigento, che testimonia l’insediamento abitativo dalla preistoria fino al Medioevo.
Le ceramiche comprendono anche pezzi delle fornaci medievali di Agrigento, rinvenute dal convento del Carmine, distrutto dopo il 1922. Tra i reperti ci sono tre boccali di ceramica invetriata del XIV secolo, con stemmi di famiglie feudali agrigentine. Vi sono anche ceramiche moderne di Burgio, Caltagirone e Sciacca, acquisite da collezionisti. Il materiale lapideo include una croce marmorea del XV secolo e diversi frammenti architettonici. Altri pezzi, giunti da chiese e conventi, sono presenti negli inventari del Museo Civico. Si trova anche un’iscrizione in caratteri cufici di età araba, che è un raro esempio di quel periodo.
Nella Sala della Torre sono esposte una Croce Lignea dipinta del XV secolo e un bassorilievo con La Crocifissione del XIV secolo, che fanno parte delle collezioni civiche cedute allo Stato nel 1970. La Croce proviene da Santo Spirito e presenta influenze della cultura spagnola. Il bassorilievo proviene dalla Chiesa del Carmine, non più esistente, e mostra influenze della scultura funeraria medievale.